Die Anfänge des Museums reichen bis ins Jahr 1869 zurück. In diesem Jahr machte der 1868 gegründete Verein für die Geschichte des Bodensees und seiner Umgebung seine Sammlungen öffentlich zugänglich. Es war die erste Museumsgründung am Bodensee – vor dem Rosgartenmuseum in Konstanz, dem Naturalienmuseum in Ravensburg und den Kunstsammlungen in Lindau. Ab 1912 wurde die Ausstellung als Bodenseemuseum in Räumen des „Kreuzlinger Hofes“ eröffnet. Ein Jahr später erweiterte ein Zeppelin-Kabinett die Präsentation.